2. Estructuras Endogenéticas

Primarias: 

Estromatolitos (thrombolitos).-  Son estructuras laminadas plano-curveadas compuestas por sedimentos tamaño limo y arcilla, ocasionalmente arena, compuesta generalmente por carbonato de calcio o material orgánico; atrapados por los filamentos algales de cianobacterias durante su crecimiento. Tienen formas hemisféricas que semejan panecillos o calabazas. Las láminas son de menos de 1 mm de espesor. Pueden tener diversas formas específicas y desarrollar grandes edificios piso sobre piso. 

Oncolitos .-  Partículas con estructuras y origen similar a los estromatolitos. De formas esféricas a subesféricas, compuestas por un núcleo y una corteza irregular constituida por envolturas micríticas no concéntricas y parcialmente superpuestas. Se forman por crecimiento de cianobacterias, microbios y algas. Pueden tener hasta 30 cm de tamaño. Son comunes en ambientes de marea y lacustres. Se forman en condiciones de relativa tranquilidad, pero interrumpidas por episodios de alta energía en aguas agitadas.

Formación y aspecto de de estromatolitos y oncolitos fósiles. La convexidad de las láminas de crecimiento de estromatolitos apunta estrato arriba

Primarias a posdeposicionales:  

Bioturbación.- Se conocen como fósiles traza o ichnofósiles y se refieren a los rastros, perforaciones y excavaciones dejados por organismos en el sustrato rocoso o sedimento suave previamente depositado, debido a sus actividades de locomoción, alimentación y/o habitación. 
Las más importantes son: a) las estructuras debidas a la bioturbación del sedimento por locomoción de organismos vertebrados e invertebrados, dejando pistas, huellas o rastros sobre la superficie del sustrato, (b) las estructuras de bio-erosión del sustrato por organismos vermiformes y moluscos, entre los más frecuentes, pero tambien por muchos otros vertebrados e invertebrados debido a su alimentación, excavación de madrigueras, arañaduras o mordeduras del sustrato, así como también raíces de plantas.
Son de una gran variedad, se pueden identificar formas características asociadas con organismos específicos o bien, por su forma, ser relacionadas con ambientes muy particulares (ichnofacies). Los estudia una disciplina emergente denominada ichnologia, que incluye clasificaciones en “ichnogéneros” y hasta en “ichonoespecies” y abarca todos los campos de estructuras e incluso textura (ej.: ichnofábrica) derivadas de actividad orgánica.

Estructuras de bioturbación. A y B: Fosiles traza o ichnofosiles: perforaciones y excavaciones. C: Trypanites, ichnofosil del Ordovicico, localidad al norte de Kentucky, USA. D posible Psilonichus, ichnofosil, localidad: Unidad Dorado Tepexi, Turoniano, localidad: al norte de Ixcaquixtla, Pue. E: huella de dinosaurios, localidad: Atexcal, Pue., Fm Sn Juan Raya, del Aptiano. F: huellas de camélidos, Fm. Pie de Vaca, del Plioceno, Tepexi de Rodriguez, Pue. (créditos de fotografías: C de Wilson4491, Wikipedia; fotos D, E y F de Cecilia Caballero) 

video de como se forman perforaciones y excavaciones

Primarias - Diagenéticas:

Fósiles.-  Son restos de macro o micro organismos que vivieron y se depositaron al tiempo del depósito en que se encuentran, que han sido conservados como moldes o impresiones. Los moldes, o calcos, pueden ser externos: petrificaciones o permineralizaciones o bien internos. En ellos las partes duras se conservan por procesos de recristalización, permineralización o reemplazamiento durante la diagénesis. Las impresiones es la conservación, como una huella, de la forma exterior del organismo en sedimentos suaves al depositarse o por compresión carbonosa, lo cual ocurre principalmente en plantas. Otras formas de conservación, de alcance más limitado en el registro geológico son: la conservación de restos en brea o turberas (medios anóxicos), ó dentro de resinas (ámbar), la desecación o momificación, la congelación y la saponificación (conversión de tejidos grasos en jabón en ambientes húmedos, alcalinos y anóxicos).  Para que ocurra la fosilización, se requiere: (a) una población abundante de organismos y (b) condiciones químicas (pH y EH) favorables para su conservación desde su muerte, que eviten su pronta descomposición así como durante la diagénesis. Su utilidad es que son indicadores ya sea de tiempo (fosiles índice) y/o de un ambiente específico, por lo que son de utilidad para reconstrucciones paleogeográfico-ambientales. Los más útiles son los microfósiles debido a que por su tamaño son más abudnantes y de una mucho mayor variedad. La Paleontología es la ciencia que estudia estos procesos y la diversidad de organismos que vivieron en el pasado según el registro fósil.

Ejemplos de diversos grupos de fósiles de utilidad en Estratigrafía. Macrofósiles: braquiópodos, trilobites, amonites, todos ellos de habitat marino; hojas de plantas de ambiente continental. Microfósiles: foraminíferos tipo nummulites y miliolidos marinos; ostrácodos y diatomeas de agua dulce. Fotografias de: Cecilia Caballero; diatomeas de: Margarita Caballero

Estructuras de biodepositación: coprolitos, regurgitalitos, cololitos. Son partículas producidas por actividades derivadas de los procesos de vida de los organismos cuya composición favorece su concentración en los sedimentos. Coprolitos y cololitos son desechos del final del tubo digestivo y los regurgitalitos son desechos por regurgitación, todos ellos fosilizados. Se conservan como resultado de petrificación de los materiales. Un caso especial es la conservación en desechos de organismos u organismos enteros en materiales como el ámbar.